Các hướng dẫn về treo cờ được chế định trong Đạo luật các Hiệu kỳ 1953 và trong một sách nhỏ mang tên "The Australian National Flag" do Chính phủ Úc phát hành. Hướng dẫn ghi rằng Quốc kỳ Úc được phép treo vào bất kỳ ngày này trong năm,[20] và rằng nó cần phải được đối xử theo cách thức tôn trọng và tôn nghiêm.[21] Quốc kỳ cần phải luôn được tung bay tại một vị trí thượng so với bất kỳ hiệu kỳ nào khác khi treo tại Úc hoặc trên lãnh thổ Úc, và nó cần phải luôn được treo ở trên cao và để tự do.[21] Quốc kỳ cần phải được treo tại tất cả các tòa nhà chính phủ và được trưng tại các điểm bỏ phiếu khi diễn ra một tuyển cử hoặc trưng cầu dân ý toàn quốc.[22] Du thuyền tư nhân có thể treo Hồng thuyền kỳ hoặc Quốc kỳ Úc.[23] Lam thuyền kỳ Anh Quốc có thể được treo trên một tàu thuộc sở hữu của Úc thay vì Quốc kỳ Úc nếu người sở hữu có một giấy chứng nhận hợp lệ theo pháp luật Anh.[24]

Bộ Thủ tướng và Nội các Úc cũng khuyến cáo rằng chỉ nên treo cờ vào ban ngày, trừ khi nó được chiếu sáng. Hai cờ không nên được treo trên cùng một cột.[21] Quốc kỳ không được trưng bày ngược trong bất kỳ trường hợp nào, thậm chí là để biểu thị một hoàn cảnh hiểm nguy.[21] Không đặt hoặc để rơi quốc kỳ xuống đất, và cũng không nên được sử dụng để phủ một đồ vật chuẩn bị cho một lễ khánh thành, hoặc để che các vật thể khác. Các lá cờ đã mục hoặc phai thì không nên được sử dụng.[21]

Theo một văn kiện của chính phủ, các lá cờ cũ hoặc mục nên được xử lý một cách riêng tư "theo một cách thức trang nghiêm"; một phương thức được đưa ra làm ví dụ là cắt lá cờ thành nhiều mảnh trước khi để vào chỗ rác.[21]

Khi cờ được treo rủ, nó cần phải nhận biết được là treo rủ, ví dụ một phần ba ở phía dưới từ đỉnh cột. Quốc kỳ Úc không bao giờ được treo rủ vào ban đêm. Các Quốc kỳ được treo rủ tại các toà nhà chính phủ khi:[25]

• Quân chủ từ trần - từ khi công bố cho đến hết tang lễ. Vào ngày công bố tân quân chủ nhậm chức, theo lệ thường sẽ kéo cờ đến đỉnh từ 11 giờ.
• Một thành viên vương thất từ trần.
• Toàn quyền hay cựu Toàn quyền từ trần.
• Một công dân Úc ưu tú từ trần. Các quốc kỳ tại địa phương bất kỳ có thể treo rủ khi một công dân ưu tú của địa phương từ trần vào ngày, hoặc một thời gian trong ngày tổ chức tang lễ.
• Nguyên thủ một quốc gia khác mà Úc có quan hệ ngoại giao, quốc kỳ sẽ được treo rủ vào ngày tổ chức tang lễ.
• Vào ngày ANZAC, quốc kỳ được treo rủ cho đến trưa.
• Vào ngày Hồi tưởng, các quốc kỳ được treo tại đỉnh cho đến 10:30 giờ, treo rủ từ 10:30 đến 11:03 giờ, sau đó treo tại đỉnh trong thời gian còn lại trong ngày.[25]

Quốc kỳ Úc có thể được sử dụng cho các mục đích thương nghiệp và quảng cáo mà không cần cấp phép chính thức miễn là nó được sử dụng một cách trang nghiêm và được mô phỏng đầy đủ, chính xác; nó không nên bị in đè lên bằng chữ hoặc minh họa, nó không nên bị các vật thể khác che khi trưng bày, và tất cả các bộ phận tượng trưng của quốc kỳ nên nhận biết được.[22][26] Nó cũng cần phải nằm ở đầu tiên (thường là bên trái) khi hơn một hiệu kỳ được sử dụng.

Tồn tại một số nỗ lực nhằm biến việc mạo phạm quốc kỳ Úc thành một tội. Năm 1953, khi tranh luận về Đạo luật các Hiệu kỳ, nhà lãnh đạo đối lập Arthur Calwell yêu cầu bất thành về việc thêm các điều khoản vào dự luật để hình sự hóa việc mạo phạm. Michael Cobb đưa các dự luật cá nhân vào năm 1989, 1990, 1991 và 1992 để cấm chỉ mạo phạm, song đều mất hiệu lực.[27] Năm 2002, nhà lãnh đạo của Đảng Quốc gia là John Anderson đề xuất khởi đầu các luật cấm chỉ mạo phạm quốc kỳ Úc, một lời kêu gọi thu hút sự ủng hộ từ một số nghị viên. Tuy nhiên, Thủ tướng John Howard bác bỏ lời kêu gọi.[28]